رساله و يا تعليقه در فلسفه الهى نيز داشتند . نقش مؤثر ايشان در حوزه فلسفى قم طرح نظريات فلسفه الهى به سبك جديد و پاسخ به فلسفه مادى « ماترياليسم ديالكتيك » بود . با برپايى انجمنى علمى و طرح مسايل جديدى كه در حوزه تفكر مادى مطرح شده پاسخ برهانى خويش را در « اصول فلسفه و روش رئاليسم » تهيه ديد كه با شرح شاگرد فرزانه‌اش « استاد شهيد آيت‌اللّه مرتضى مطهرى » اين سيره علمى در اقصى نقاط عالم اسلامى منتشر شد . آنچه كه در اين دوره از حوزه فلسفى اهميت ويژه دارد رشد تفكر فلسفه سياسى است كه شايد بتوان گفت در هيچ يك از دوره‌هاى فرهنگى اين رشد و شكوفايى در حوزه‌هاى علميه روى نداده است . « استاد علامه طباطبايى در سفرهاى پياپى به تهران با علاقه مندان به حكمت و معارف اسلامى نيز تماس حاصل نمود و حتى از بحث و مناظره با مخالفان دين و حكمت ، دريغ نورزيد و از راه عقل و منطق ، بسيارى از افرادى را كه از طريق صواب منحرف شده بودند به درك حقايق دينى و حكمى نايل ساخت و توانست در عرض بيست و چند سال اخير ، اثر عميقى از خود نه تنها در طبقه روحانيت بلكه بين عده اى از طبقه متجدد و تحصيل كرده در غرب بجا گذارد . ساليان دراز هر پاييز بين ايشان و استاد هنرى كربن مجالسى با حضور جمعى از فضلا و دانشمندان تشكيل مى شد كه در آن مباحثى حياتى درباره دين و فلسفه و مسائلى كه جهان امروز در مقابل شخص معنوى و جوينده حقيقت قرار مىدهد ، مطرح مى گشت كه اين جلسات نتايج بسيار مهمى به بار آورده است . بدون شك چنين جلساتى در سطحى آنچنان بالا و با افقى آنچنان وسيع در جهان اسلامى امروز بى نظير بوده است و حتى مى توان گفت كه از دوره قرن وسطى كه تماس فكرى و معنوى اصيل بين اسلام و مسيحيت قطع شد ، چنين تماسى بين شرق اسلامى و غرب حاصل نشده است . » ( طباطبايى ، سيدمحمد حسين ، 1378 ش ، ص 13 ) علامه طباطبايى خود درباره اين مذاكرات مىگويد : « بنا به گفته كربن تاكنون مستشرقين ، اطلاعات مربوط به اسلام را از اهل تسنن اخذ مىكردند و در نتيجه ، حقيقت مذهب تشيع آن گونه كه شايسته است به دنياى غرب معرفى نشده است . بر خلاف باور مستشرقين گذشته ، اعتقاد من اين است كه تشيع يك مذهب حقيقى و اصيل و پابرجاست و داراى مشخصات يك مذهب حقيقى است و غير از آن است كه به غرب معرفى كرده‌اند . آن چه پس از پژوهش‌هاى علمى بدان رسيده‌ام ، اين است كه به حقايق معنويت اسلام از دريچه شيعه كه نسبت به اين آيين واقع بينى دارد بايد نگاه كرد . از اين رو كوشيده‌ام اين